Questa attività costituirebbe, insomma, il segno dell'estensione del "controllo pubblico" veneziano "al campo intero delle tecniche del dominio del mare", della progressiva specializzazione della produzione bellica dell'ampliamento di capacità di immagazzinaggio destinate a supportare gli interventi urbanistici e quelli sull'assetto ambientale, dell'assunzione infine nell'arsenale del ruolo di prioritaria struttura logistica necessaria a pilotare il flusso dei rifornimenti verso i principali centri dello Stato del mar, e, dal '400, dello Stato della terra. Eppure, si ritiene che il quadro di questi interventi di rinnovamento e potenziamento funzionale sia in realtà meno coerente di quanto la coeva cronachistica apologetica non abbia voluto far intendere :queste strutture non sembrano infatti concepite quali "spazio" davvero "unitario del lavoro e della tecnica", e le diverse attività (la costruzione dell'artiglieria e delle galere, la fabbricazione di remi, vele e cordami) appaiono soltanto giustapposte, secondo quella che è definita "localizzazione discontinua ed estesa", attraverso "una moltiplicità di siti che non hanno molto più in comune che la contiguità".
Un principio di unitarietà sul piano distributivo s'impose certamente, in questo periodo: ma soltanto in funzione dell'organizzazione spaziale dell'arsenale in rapporto alle operazioni necessarie all'armamento di una galera, distribuite in linea su un percorso di acqua primario. D'altra parte, fu proprio durante il XIV secolo che si organizzarono i primi insediamenti legati ai nuclei di cantieri nel tessuto urbano: risale al '300, infatti, anche la formazione dei primi nuclei di "caxe del comun" o di "San Marco", alloggi di proprietà pubblica per i patroni, i proti ed le maestranze salariate del cantiere. Ma, per ora, l'arsenale "concentra, raggruppa il lavoro artigiano", non ne modifica ancora la qualità, e non presenta una particolare specificità urbanistica.
Soltanto tra metà del XV e fine del XVI secolo, e con maggiore propulsione tra 1473 e 1546, invece, si formò il concetto moderno di arsenale inteso come attrezzatura bellica permanente marittima e d'armamento sotto il controllo statale. Non affatto paradossale - come s'è detto - che i "modelli pubblici di comportamento progettuale" che porteranno alla riorganizzazione della produzione e dello stoccaggio ed alla costruzione dell'"arsenale nuovissimo" si impongano quando il primato marittimo veneziano è già declinante e la concorrenza sui mari si fa più aspra: secondo interventi complementari che lo storico francese Maurice Aymard definisce "strategia della risposta graduale", in assenza cioè d'un piano unitario, ma piuttosto in virtù delle necessità politiche ed in rapporto alla mediazione tra queste e gli oggettivi problemi tecnico-economici, la Repubblica di Venezia elabora le proprie risposte alle situazioni di emergenza economica ed alla cogente pressione bellica.
Si tratta ora di un insieme di programmi e di impegni che imporranno, per via d'adeguamento o di trasformazione, una "concorrenza di diversi ordini" ai preesistenti modelli produttivi, funzionali, spaziali; conducendo alla divisione delle competenze gestionali, alla sistemazione dei magazzini delle attrezzature e delle artiglierie, all'istituzione di depositi di legname a seconda delle qualità, all'adozione di un "sistema numeratorio" per l'armamento della cosiddetta flotta permanente di cento galee. quest'ordine strutturale rappresenta in realtà un adeguamento su scala statale del sistema produttivo artigianale, che il grande volano economico e sociale della città deve preservare per precisa esigenza politica e d'ordine pubblico, ma anche la traduzione di precoci tendenze alla specializzazione spaziale e funzionale in un ordine che rimane, tuttavia, ancora tradizionalmente antropomorfico :"l'arsenale si divide in sei parti principali [...]", ogn'una delle quali è strettamente "sottoposta" agli "ordini et alle regole" alle quali sono sottoposte le membra, "si come nel corpo umano [...]"; ad ognuna di esse è deputata "la sua particolare operatione, che ne forma poi un misto, che fatto corpo serve alla Serenità Vostra per ornamento nella tranquillità della pace et per difesa delle turbolentie della guerra ", spiegava nel 1591 il patrono dell'arsenale Giovanni Priuli al collegio.